L'histoire palpitante de Syphon Filter a pris une autre tournure en 2001 lorsque les héros Gabe Logan et Lian Xing ont été victimes d'un coup monté et accusés de vouloir propager une mystérieuse arme synthétique qu'ils avaient tant cherché à détruire.Incarnez à la fois Logan et Xing, et partez pour un voyage plein d'aventures et de découvertes, alors que les deux fugitifs essaient d'exposer la conspiration au grand jour et de révéler les sombres origines du projet mortel de Syphon Filter...