À la fin du 13e siècle, l'empire mongol a ravagé des nations entières lors de sa campagne visant à conquérir l'Orient. L'île de Tsushima est tout ce qui sépare le Japon de l'incroyable flotte mongole menée par un général rusé et impitoyable, Khotun Khan. Alors que la première vague de l'assaut mongol embrase l'île, le samouraï Jin Sakai, dernier survivant de son clan, prend les armes. Il est déterminé à faire ce qu'il faut, quoi qu'il en coûte, pour protéger son peuple et récupérer l'île. Il doit s'affranchir des traditions qui ont fait de lui un guerrier pour emprunter une nouvelle voie, celle du fantôme, et mener une guerre peu conventionnelle afin de libérer Tsushima.