La société Abstergo force Desmond Miles à revivre les souvenirs (et par conséquent les actions) de l'un de ses ancêtres, Altaïr Ibn La-Ahad, en utilisant une machine complexe qui décode la mémoire génétique : l'Animus. Ces souvenirs sont nécessaires à la société pour mener à bien un projet scientifique secret. Desmond se trouve donc « synchronisé » avec la vie de son ancêtre. Altaïr, membre de la confrérie secrète des Assassins au xiie siècle, doit exécuter neuf hommes dispersés entre les villes de Damas, Acre et Jérusalem afin de retrouver son statut de maître Assassin qu'il vient de perdre lors d'une mission capitale dans le Temple de Salomon. Après chaque assassinat, Altaïr retrouve une partie de l'équipement et des capacités dont il avait été privé à la suite de sa destitution, lui permettant ainsi de poursuivre ses missions. Le jeune homme exécute ses cibles, sur ordre de son maître Al-Mualim dans le but de ramener la paix dans sa patrie natale.